보수에서 소득세를 못 뗐다면? 원천징수 누락분 정정과 부담 주체

안녕하세요, 집합건물 회계감사를 전문으로 수행하는 집합건물 전문 회계사 이승석 회계사입니다.

원천징수를 빠뜨렸다고 해서 보수 자체를 다시 지급하는 것은 아닙니다. 이미 지급한 보수, 세무서와 지방자치단체에 납부할 금액, 보수를 받은 사람에게 회수할 금액을 각각 맞추는 작업이 필요합니다.

1. 세금을 계산하기 전에 보수의 소득 구분부터 확인합니다

소득세법 제127조 제1항은 근로소득, 원천징수대상 사업소득, 일정한 기타소득 등을 지급하는 자에게 원천징수의무를 부여합니다. 다만 모든 지출이 원천징수 대상인 것은 아니며, 소득의 종류에 따라 대상 범위와 계산방법이 달라집니다.

직원 급여는 근로소득 원천징수방법을 적용하고, 독립적으로 계속·반복하여 제공한 인적용역의 대가는 원천징수대상 사업소득에 해당하는지 확인합니다. 일시적인 용역 대가나 수당은 기타소득 해당 여부와 필요경비, 비과세·과세최저한 등을 별도로 검토해야 합니다. ‘보수’, ‘활동비’, ‘자문료’라는 이름만 보고 일괄적으로 3.3%를 적용해서는 안 됩니다.

국세청의 근로소득 범위와 다른 소득과의 구분 안내도 고용관계, 독립성, 계속성 등에 따라 용역 대가를 구분하고 있습니다. 직원의 매월 급여는 근로소득 간이세액표 적용방법을 확인하여 누락 당시의 과세급여와 공제대상 가족 등 계산자료를 복원합니다.

누가 원천징수의무자인지도 확인해야 합니다. 관리단이 직접 고용하여 급여를 지급한 경우와 위탁관리회사가 고용한 직원의 급여를 관리단이 정산한 경우는 계약관계가 다릅니다. 통장에서 돈을 송금한 사람만 보지 말고 고용·용역계약의 당사자, 소득 지급관계, 대리·위임관계와 기존 신고 명의를 함께 확인합니다.

2. 납부 책임과 최종 부담은 서로 다른 문제입니다

소득세법 제85조 제3항 본문에 따르면 원천징수의무자가 징수했거나 징수해야 할 세액을 기한까지 납부하지 않으면, 원칙적으로 그 의무자로부터 세액과 관련 가산세를 징수합니다. 보수 지급 때 세금을 공제하지 못했다는 사정만으로 납부 책임이 없어지는 것은 아닙니다.

원천징수의무자가 소득자의 세금을 공제하지 않은 채 납부했다면, 원칙적으로 소득자에게 그 금액의 상환을 청구하는 구상권을 검토할 수 있습니다. 그러나 세금을 납부했다는 사실만으로 청구액이 모두 확정되는 것은 아닙니다.

대법원 2016. 6. 9. 선고 2014다82491 판결은 법인이 대표자 상여 소득처분에 따른 원천징수세액을 납부한 뒤 구상한 사건에서, 납부 사실뿐 아니라 소득자의 해당 납세의무가 존재했다는 점도 원칙적으로 청구하는 측이 증명해야 한다고 판단했습니다. 이 판결을 관리단의 모든 보수에 그대로 대입할 수는 없지만, 회수 전에 과세대상 소득과 세액의 근거를 갖추어야 한다는 일반 법리를 확인할 수 있습니다. 판결 원문 확인하기

3. 원래 신고와 실제 납부 상태에 맞춰 정정합니다

먼저 지급월별로 지급했어야 할 총보수, 실제 지급액, 공제한 세액, 신고한 세액, 납부한 세액을 비교합니다. 세금을 아예 공제하지 않은 경우와 공제해 놓고 납부하지 않은 경우를 혼동하면 소득자에게 같은 세금을 다시 청구할 수 있습니다.

소득세법 제128조 제1항에 따른 일반적인 원천징수세액 납부기한은 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일입니다. 반기납부는 같은 법 제128조 제2항과 시행령 제186조의 요건에 따라 승인 또는 지정을 받은 경우 적용하며, 직원 수가 적다는 이유만으로 자동 적용되는 것은 아닙니다. 정정할 때는 원래 적용되던 납부주기와 법정기한을 확인합니다.

거주자 보수의 개인지방소득세는 지방세법 제103조의13 제1항·제2항에 따라 원천징수하는 소득세의 10%를 특별징수하여 원칙적으로 다음 달 10일까지 납부합니다. 따라서 국세 원천세를 정리한 뒤에는 지방소득세 특별징수 신고와 납부도 별도로 확인해야 합니다. 국세 정정만으로 지방세 절차가 모두 끝났다고 보아서는 안 됩니다. 지방세법 제103조의13 확인하기

1. 소득 종류와 귀속·지급시기를 확정하고 누락세액을 재계산합니다.
2. 원천징수이행상황신고서의 제출 여부와 기존 내용을 확인하여 필요한 정정을 합니다.
3. 국세와 지방소득세의 본세·가산세를 구분하여 납부하고 영수증을 보관합니다.
4. 지급명세서·간이지급명세서의 제출 대상과 제출 상태를 확인하여 누락분 제출 또는 수정 필요성을 검토합니다.
5. 급여·보수대장과 원천징수영수증을 정리하고 소득자에게 변경내용을 안내합니다.
6. 근로소득이라면 연말정산 또는 퇴사 정산에 이미 반영된 금액을 대사하여 같은 세액을 두 번 정산하지 않도록 합니다.

지급명세서는 소득자별 지급자료이고, 원천징수이행상황신고서는 원천징수 이행내용을 신고하는 자료입니다. 하나를 고쳤다고 다른 자료가 모두 정정된 것으로 보지 말고 각각 접수 결과를 확인합니다. 소득별 제출기한과 예외는 국세청 지급명세서 제출 안내에서 확인할 수 있습니다.

4. 소득자가 이미 신고·납부했다면 중복 납부부터 막습니다

지난해 지급한 자문료의 원천징수 누락을 올해 발견했는데, 자문을 제공한 사람이 이미 그 금액을 종합소득세 신고에 포함했을 수 있습니다. 이때는 “우리가 누락했으니 일단 같은 본세를 다시 낸다”는 방식으로 처리하지 않습니다.

소득세법 제85조 제3항 단서 제1호는 원천징수를 하지 않은 소득금액이 소득자가 신고·납부한 과세표준에 이미 산입된 경우, 원천징수의무자로부터 관련 가산세만 징수하도록 규정합니다. 같은 항 제2호는 관할 세무서장이 그 소득에 대해 소득자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우를 규정합니다.

따라서 소득자의 말만으로 납부를 생략하기보다 해당 소득의 신고 포함 여부, 신고서와 소득명세, 납부내역 또는 부과·징수 자료를 확인하여 관할 세무서나 세무대리인과 적용 여부를 검토합니다. 이 규정은 요건에 해당하는 경우 본세의 중복징수를 막는 것이며, 원천징수 누락에 관한 가산세나 지급자료 정리까지 모두 없어지는 규정은 아닙니다. 지방소득세의 처리도 별도로 확인합니다.

5. 세전 보수인지 실수령액 보장인지에 따라 회수 판단이 달라집니다

계약서에 세전 보수 100만원이라고 정했다면, 그 총액 안에서 해당 소득세 등을 공제하는 구조인지 확인할 수 있습니다. 반면 세후 실수령액 100만원을 보장하고 세금은 지급자가 부담한다고 약정했다면 경제적 부담의 약정이 다릅니다. 단순히 100만원을 송금했다는 사실만으로 어느 계약인지 확정할 수는 없습니다.

본세 회수를 검토할 때에는 계약서뿐 아니라 급여명세서, 이전 지급 관행, 세금 부담에 관한 안내와 합의내용을 함께 봅니다. 실수령액 보장이나 지급자의 세금 부담 약정이 있다면 그 범위를 확인해야 하며, 관리위원회가 사후에 비용 지출을 승인했다는 사정만으로 소득자와의 계약내용이나 세법상 의무가 자동으로 바뀌는 것은 아닙니다.

직원의 소득세를 사용자가 최종적으로 부담하는 경우에는 대납액의 추가 근로소득 문제도 생깁니다. 국세청 서면-2022-소득-5584, 2023. 7. 21.은 개인사업자가 근로계약에 따라 근로자 부담 세금과 사회보험료를 대신 납부하는 사안에서 대납액을 근로자의 근로소득으로 보았습니다. 이 해석의 소득 구분을 참고하되, 개인사업자의 필요경비에 관한 결론을 관리단의 모든 비용이나 법인세 처리에 그대로 확대하지 않아야 합니다. 국세청 질의회신 원문 확인하기

실수령액을 보장한다면 기존 보수에 누락세액만 더하는 것으로 계산이 끝나는지 확인해야 합니다. 대납액이 과세 보수에 포함되면 세액도 달라질 수 있으므로 총보수와 세액을 함께 재계산합니다. 나중에 소득자에게 회수할 금액을 일시적으로 대신 납부한 경우와 지급자가 최종 부담하기로 한 경우도 구분합니다.

직원에게 본세를 회수하더라도 다음 급여에서 임의로 빼는 방식은 주의해야 합니다. 근로기준법 제43조 제1항은 임금의 전액 지급을 원칙으로 하고 법령 또는 단체협약에 특별한 규정이 있는 경우의 공제를 인정합니다. 정상적인 세법상 원천징수와 이미 대납한 금액의 민사상 회수는 구분하여, 공제 근거와 정산 절차를 확인합니다. 분쟁이 예상되면 별도 반환 방식과 적법한 합의 방법을 검토합니다. 근로기준법 제43조 확인하기

6. 가산세는 본세와 나누어 계산하고 책임을 검토합니다

국세기본법 제47조의5 제1항은 징수하여 납부해야 할 세액을 법정납부기한까지 납부하지 않거나 부족하게 납부한 경우의 가산세를 규정합니다. 보수에서 세금을 공제하지 못한 경우에도 납부기한이 지났다면 적용 여부를 검토해야 합니다.

국세청의 2026년 7월 1일부터 적용되는 안내에 따르면, 납부고지 전에 자진납부하는 일반적인 경우에는 미납세액의 3%와 미납세액에 하루 0.022% 및 경과일수를 적용한 금액을 합산하며, 이 부분의 한도는 미납세액의 10%입니다. 경과일수는 법정납부기한 다음 날부터 납부일 전날까지 계산합니다. 고지 후 지정납부기한까지도 납부하지 않은 경우에는 추가 규정이 적용되므로 동일한 계산으로 끝내지 않습니다.

원천징수 등 납부지연가산세에는 일반적인 수정신고에 따른 과소신고가산세 감면을 그대로 적용하지 않습니다. 지방소득세 특별징수 관련 가산세와 지급명세서 누락·오류에 따른 가산세도 별도로 검토합니다. 국세청 원천징수 관련 가산세 안내 확인하기

관리단이 원천징수의무자인 경우, 누락을 일으킨 경리담당자가 곧바로 세법상 납부의무자가 되는 것은 아닙니다. 담당자나 위탁관리회사에 비용을 청구할 수 있는지는 업무상 의무와 귀책사유, 실제 손해 등을 별도로 검토해야 합니다. 관리단의 세무 정정과 내부 책임 검토를 각각 진행하고, 근거가 확정되지 않은 금액을 직원 급여에서 공제하거나 회수채권으로 기록하지 않도록 합니다.

7. 대납액 회수와 장부 처리는 실제 정산관계에 맞춥니다

이 사례의 누락 본세는 소득세 30,000원과 개인지방소득세 3,000원, 합계 33,000원입니다. 사업소득 3% 원천징수는 국세청 사업소득 원천징수 안내에서 확인할 수 있습니다. 이 계산은 사례의 소득 구분을 전제로 하며, 다른 자문료나 회의수당에 일률적으로 적용하는 계산은 아닙니다.

국세청 2026년 10월 세무일정상 9월분 원천세 신고·납부기한은 10월 12일입니다. 따라서 관리단은 해당 신고서를 수정하고 미납 본세와 적용되는 가산세를 정리해야 합니다. 자문자와의 회수 협의에서는 본세 33,000원과 관리단의 납부지연으로 발생한 금액을 구분합니다.

자문료 100만원이 이미 비용과 통장 출금으로 정확히 기록되어 있고, 관리단이 본세를 먼저 납부한 뒤 자문자에게 회수하기로 정산했으며 회수청구권과 회수가능성도 확인되었다면, 본세 대납액은 다음과 같이 기록할 수 있습니다.

기존 자문료 100만원을 다시 비용으로 기록하지 않는 것이 중요합니다. 반대로 소득자에게 이미 공제한 세액이 예수금으로 남아 있다면 납부 시 그 예수금을 정리하는 방식이 됩니다. 공제하지도 않은 금액을 실제로 보관 중인 예수금처럼 남기지 않도록 합니다.

관리단이 본세를 최종 부담하기로 했다면 위 회수 예시를 그대로 사용하지 않습니다. 추가 보수 해당 여부, 지출의 승인 근거와 비용 처리, 관련 세무조정을 검토합니다. 회수를 시도했으나 받지 못한 경우에도 곧바로 관리단 부담이 확정되었다고 보지 말고, 채권의 존재와 회수가능성을 나누어 판단합니다.

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